Los comienzos del desarrollo industrial en Colombia a principios del s. XX afectaron lógicamente el ambiente con problemas como la contaminación y la deforestación. De ello el río Magdalena es un termómetro preciso y sensible.
Las épocas de intensa lluvia en Colombia han traído como consecuencias el desbordamiento del río que reclama el espacio perdido y hace pagar los precios de deforestaciones sin medida. Aún no existen en Colombia proyectos de magnitud que velen radicalmente por la protección del medio ambiente y la preservación de los recursos naturales. La riqueza en fauna y flora a lo largo de un río que recorre regiones tan diversas y equidistantes, es amplia e interesante, pero la contaminación y la deforestación ha hecho perder muchas especies asociadas al río.
El panorama para el río Magdalena es bastante desolador pues además de recibir las aguas del río Bogotá (uno de los más contaminados del mundo), no existe un plan de acción que permita su recuperación. La navegación ya no es posible y la pesca cada vez es más escasa, por demás arriesgada por los altos niveles de contaminantes que son depositados a sus aguas.